三年前の夏休み、江戸川コナンと灰原哀が揃って姿を消した。
　その二か月後に戻ってきたのはコナンだけだった。それまで好奇心に溢れていたコナンは、事件に関わる事をやめた。思い出を語らなくなった。もちろん哀の事も、そして遠い親戚だという工藤新一についても。
　それから三年が経った高校二年生の秋。哀は転校生として現れ、コナンと再会を果たす。
　三年前に何があったのか、失われた真実と消えがたい想いを辿る物語。